机构不健全，管理体制不顺。畜牧兽医工作没有统一机构管理，导致管理体制不顺。目前， 我国畜牧兽医管理工作分散到多个部门，不能实施统一管理， 职责不清。下面是如何搞好我国畜牧兽医管理体制改革。
多头管理，职能重叠，造成管理效率低，资源浪费。如内外检分设、商业部门目前还管理部分屠宰企业屠宰检疫、部分畜产品在流通环节的卫生监督仍由卫生部门管理， 防疫工作难以统一协调， 给防检疫工作也带来很多矛盾和困难， 降低了作效率管理机构设置混乱，职责不清， 行政效能不能正常发挥。
基层防疫工作不到位。由于多年建设滞后， 我国基层畜牧兽医体系一直没有得到快速发展，特别是基层畜牧兽医队伍人员素质和技术水平存在明显不足。首先，由于基层防疫机构工作条件艰苦， 待遇较差， 用人机制和竞争机制均不完善，无法引入学历较高的畜牧兽医技术人员， 人员年龄结构和知识结构都不合理。其次，由于基层机构的基础设施较差，多年来大都是“一支针管鸡鸭全打”， 仪器设备还不如管辖区域内的规模化饲养企业的实验室。第三，在改革中由于只看到基层站存在的问题， 不对畜牧兽医工作进行深入的调查研究， 忽视了基层畜牧兽医管理机构在公益服务方面的特殊性， 而视同于一般性农业技术推广机构，采取“一刀切”的做法， 简单对基层站所进行撤并了事， 致使大量畜牧兽医基础性工作无法正常开展， 动物防疫和畜产品安全隐患严重。基层防疫组织和队伍不稳， 经费得不到保障，防疫工作的机制问题没有解决，使动物防疫的基础受到动摇。
缺乏专业人才与技术。技术人员年龄结构偏大。据统计在我国县乡畜牧畜牧兽医技术推广服务体系中，年龄在35岁以下的占28%，36-45岁的占31%，46-60岁的占41%，年龄结构趋于老化。技术人员知识老化。我国一些基层的畜牧兽医工作者，很多没有经过专业学校系统培训。而从畜牧专业学校毕业的人员，多数在县级和较大的乡镇工作，由于缺乏进修和技术更新，知识严重老化。目前，乡镇防疫技术力量薄弱，很难承担繁重的疫病防治工作任务，堵、防、检、控等综合措施的落实，缺乏应有的人员和技术支撑。
没有完善的法律体系保障。到目前为止，我国在法律法规方面虽制定了《动物防疫法》、《进出境动植物检疫法》及其实施条例、《兽药管理条例》和《饲料和饲料添加剂管理条例》，但没有形成完整的畜牧兽医工作法律体系： 缺少一个畜牧兽医工作的基本法，在畜牧兽医管理体制、执业畜牧兽医管理、突发重大动物疫情的应急、动物诊疗、畜产品卫生质量等方面也没有立法; 已有的法在很多方面还很不完善， 或多或少存在一些问题，相互间还有许多不协调的地方;《动物防疫法》仅适用于对动物传染病、寄生虫病的管理，没有体现畜牧兽医管理部门对动物及其产品生产的全过程卫生监督和对畜牧兽医工作的有效管理， 其实用地位尚待提升;《动物防疫法》和《进出境动植物检疫法》在职能界定上有的地方出现交叉，有的地方又出现脱节， 很不适应当前形势下动物防检疫工作的开展和动物疫病的控制等。